El Patronato es el máximo órgano de gobierno de la Fundación, responsable del cumplimiento de los fines fundacionales y de la administración de los bienes y derechos que integran su patrimonio. Está presidido por el Consejero Delegado de Atlantic Copper S.A. y consta de quince miembros. Nueve de ellos son miembros natos en función de sus cargos directivos en Atlantic Copper, incluyéndose entre éstos al Presidente del Comité de Empresa. Junto a estos patronos de carácter permanente figuran otros cinco patronos en representación de las administraciones e instituciones públicas de Huelva y uno más “ad personam”.
